Në shtator të vitit 2012 gjashtë kolegë të Ferid Aganit, atë kohë ministër në Ministrinë e Shëndetësisë e kishin paditur këtë të fundit në Gjykatën Supreme.
Vendimi kishte të bëjë me barasvlerësimin e përvojës profesionale pesëvjeçare me titull akademik Doktor Shkence dhe të përvojës profesionale më shumë se shtatë vjet me titull akademik Magjistër i Shkencave për profesionistët shëndetësorë që kanë punuar ose punojnë në institucionet publike shëndetësore.
E ndërkohë kundër ankesës së gjashtë mjekëve kishte dalë Ministria e Shëndtësisë,. Por në korrik të këtij viti, pesë vite pas, Gjykata e Apelit e ka vlerësuar si të pa bazuar ankesën e Ministrisë së Shëndetësisë, duke i dhënë të drejtë ankesës së paditësve, Skënder Talaku, Gani Bajraktari, Daut Gorani dhe Agim Krasniqi.
Në aktgjykimin të cilin e ka siguruar Gazeta Express, Gjykata e Apelit e ka cilësuar si të pabazuar lëndën. Nga shkresat e lëndës rezulton se paditësit kanë parashtruar padi për konflikt administrativ, kundër vendimit të ministrit të Shëndetësisë në atë kohë Ferid Aganit.
“Gjykata e shkallës së parë, pas shqyrtimit të padisë së paditësve paraqitur kundër vendimit, nr. 145/12 të datës 18.09.2012 të Ministrisë së Shëndetësisë,-Zyra e Ministrit në Prishtinë, dhe pas administrimit të provave si në procesverbal të shqyrtimit kryesor e duke u bazuar edhe në provat dhe dëshmitë e tjera të lëndës, bie aktgjykimin e ankimuar me të cilin kërkesëpadinë e paditësve e aprovon si të bazuar, me të cilën kanë kërkuar anulimin e vendimit të lartcekur të MSH’së”, thuhet në vendimin e Gjykatës së Apelit.